У млекопитающих гиалуроновая кислота ферментативно разрушается под действием трех типов ферментов: гиалуронидазы, p-D-глюкуронидазы, и p-N-ацетил-гексозаминидазы. В организме эти ферменты присутствуют в различных формах, они расположены как внутриклеточно, так и в сыворотке крови. Гиалуронидаза расщепляет высокомолекулярную гиалуроновую кислоту на более мелкие олигосахариды, в то время как p-D-глюкуронидаза, и p-N-ацетил-гексозаминидаза в дальнейшем подвергают распаду эти олигосахаридные фрагменты путем удаления терминальных сахаров. Тестикулярная гиалуронидаза, помимо реакции расщепления, может катализировать обратную реакцию, трансгликозилирование. Таким образом, гиалуроновая кислота не просто расщепляется этим ферментом до дисахаридных фрагментов. На самом деле, инкубация гиалуроновой кислоты в растворе тестикулярной гиалуронидазы приводит к образованию смеси фрагментов различных размеров, преимущественно тетрасахаридов, с меньшим количеством гекса-, окта- и дисахаридов. Основными клетками, отвечающими за синтез гиалуронидазы, являются макрофаги, фибробласты и эндотелиальные клетки; таким образом, эти клетки связаны с деградацией гиалуроновой кислоты в организме. В дополнение к ферментативному распаду, гиалуроновая кислота может быть разрушена активными кислородными радикалами, этот механизм является источником фрагментов гиалуроновой кислоты в очагах воспаления. Также существуют другие неэнзиматические способы деградации гиалуроновой кислоты.